Если билет один, то вам сразу выдадут два посадочных талона и багаж так же зарегистрируют (в нормальных а/к это так) сразу до конечной точки.
В JFK его нужно будет получить, пройти границу и отдать на стойке drop-off (например, у дельты она есть недалеко от выхода из зоны прохождения таможенных формальностей) или на обычной стойке регистрации.